Sin embargo, para algunos sectores, la inversión y la promoción de este combustible no implicaría, como señalan muchos productores y el mismo gobierno provincial, beneficios para el medioambiente ni para los consumidores argentinos.
La organización ambientalista Greenpeace dio a conocer, a través de Radio 2, sus reparos en cuanto a la explotación del biodiesel en el país. Juan Carlos Villalonga, representante de la entidad, argumentó, en diálogo con el periodista Alberto Lotuf: “Se ha generado demasiada expectativa con pocas certezas”, y continuó: “Se vive una fiebre por los cultivos de soja que se expanden sobre las zonas de bosques y los montes, causando la depredación de las mismas, a un ritmo sin antecedentes y la producción de biodiesel implica una mayor presión al ecosistema, son más granos de soja que deben ser sembrados”.
El ambientalista manifestó que “en la producción de soja, la ecuación energética no es beneficiosa porque seguimos explotando nuestros recursos no renovables para exportarlos y que los consuman en el exterior” y advirtió: “Hay que mirar con mucho detenimiento antes de lanzarnos al consumo masivo del biocombustible. Si ya existe una fuerte presión sobre el suelo por los cultivos del suelo, imaginemos una nueva demanda para producir biodiesel”.