Los trastornos digestivos funcionales generan diversas consecuencias negativas: afectan la calidad de vida de los niños, los padres sienten que no los pueden contener, y en ocasiones provocan desgaste en la pareja y costos al sistema de salud, ya que las familias visitan a varios médicos en busca de una solución al problema, según docsalud.

A su vez, esta situación produce mucha ansiedad y trastorno del sueño en los niños. A futuro, los jóvenes que de chicos padecieron trastornos digestivos funcionales tienen mayor riesgo de presentar déficit de atención, problemas alimentarios y trastornos digestivos funcionales del adulto, como síndrome de intestino irritable, también llamado colon irritable.

Se estima que el 30 % de los niños padece regurgitación, entre el 15 y el 20 % constipación y el 20 % cólicos. En resumen, más del 50 % de los bebés va a presentar alguno de estos trastornos entre las 3 semanas y el año de vida. Particularmente, los cólicos afectan en forma considerable la calidad de vida del niño y de todo su entorno familiar, pudiéndose presentar el denominado "cólico del lactante", una condición que padecen bebés menores de 5 meses y que implica un llanto inconsolable, recurrente y prolongado que comienza y termina en forma abrupta sin causa aparente.